藏鸡磷酸酪氨酸互作结构域 1（PID1）的克隆及组织表达谱研究

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2016.06.004

摘要/Abstract

摘要：

本研究旨在阐明藏鸡PID1基因在不同组织与时序表达谱，并研究PID1基因表达与肌内脂肪含量（IMF）的关系。利用RT-PCR技术克隆藏鸡PID1基因，用相关软件预测PID1蛋白的结构和功能，采用荧光定量PCR研究PID1基因在藏鸡不同组织、不同日龄的表达谱，并分析其与IMF的相关性。结果显示，克隆得到藏鸡PID1基因序列长度为654 bp（GenBank 登录号：KT000001），共编码217个氨基酸，是具有PTB结构域的不稳定亲水酸性蛋白质；有14个磷酸化位点、4个O-糖基化位点、1个N-糖基化位点、7种保守特异性蛋白激酶结合位点、3个二硫键；预测其二级结构中α-螺旋占26.73%，β折叠占20.74%，无规则卷曲占52.53%，属于混合型蛋白且主要存在于细胞质中。荧光定量PCR结果显示，PID1基因在藏鸡的不同组织中均存在表达，且在脂肪组织中表达水平最高（P<0.01）；时序表达谱结果显示，PID1基因在1日龄公藏鸡胸肌中表达水平最高。在210 日龄的公鸡腿肌的表达量极显著高于其他日龄的表达水平（P<0.01），在119 日龄母鸡腿肌的表达量极显著高于其他日龄表达水平（P<0.01）。在119和154 日龄公鸡脂肪组织中表达水平较高，在210 日龄母鸡脂肪组织中的表达量最高（P<0.01）。相关性分析结果显示，PID1 mRNA的表达量与藏鸡胸肌的IMF含量存在显著相关（P<0.05）。结果提示，PID1基因可能是影响藏鸡IMF沉积的候选基因。

Abstract:

In the present study，PID1 mRNA expression profile in several tissues of Tibetan chicken during different growth phases and the correlation between PID1 mRNA expression and intramuscular fat (IMF) content were investigated.PID1 gene of Tibetan chicken was cloned using RT-PCR and the structure as well as function of PID1 protein was predicted using relevant softwares.Furthermore，the expression profile of PID1 gene was investigated by qRT-PCR and the relationship between PID1 mRNA expression and IMF content in chicken muscles were analyzed.The results showed that PID1 gene was 654 bp encoding a unstable，hydrophilic，acidic protein with 217 amino acids and a PTB (phosphotyrosine binding) domain.There were 14 phosphorylation sites，4 O-glycosylation sites，1 N-glycosylation site，7 protein kinase phosphorylation sites，and 3 disulfide bonds within the PID1 protein.The predicted secondary structure of PID1 protein was composed of alpha helix (26.73%)，beta fold (20.74%) and random coil (52.53%)，belonging to one of mixed proteins in cytoplasm.qRT-PCR results showed that PID1 mRNA could be expressed in various tissues，with the highest expression level in fat (P<0.01).The temporal expression showed that the expression level of PID1 gene was the highest in breast muscle of 1 day Tibetan chicken，and was the highest in leg muscle of the 210^th day cocks (P<0.01)，while the highest in leg muscle of the 119^th day hens (P<0.01).For fat tissues，the highest expression level appeared in the 119^th day and the 154^th day cocks，and the 210^th day hens，respectively.The correlation analysis indicated that there was a significant correlation between PID1 mRNA expression and breast muscle IMF content in Tibetan chicken（P<0.05）.These results suggested that the PID1 gene might play an important role in the IMF deposition of Tibetan chicken.

中图分类号:

S831.2

聂晓庆，林亚秋，徐亚欧,赵燕英，吕明，左璐璐，张小玉，李想. 藏鸡磷酸酪氨酸互作结构域 1（PID1）的克隆及组织表达谱研究[J]. 畜牧兽医学报, 2016, 47(6): 1102-1111.

NIE Xiao-qing，LIN Ya-qiu，XU Ya-ou，ZHAO Yan-ying，Lü Ming，ZUO Lu-lu，ZHANG Xiao-yu，LI Xiang. Research on Cloning and Tissue Expression Profile of Phosphotyrosine Interaction Domain Containing 1（PID1）in Tibetan Chicken[J]. ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA, 2016, 47(6): 1102-1111.

0
/ / 推荐

导出引用管理器 EndNote|Reference Manager|ProCite|BibTeX|RefWorks

链接本文: https://www.xmsyxb.com/CN/10.11843/j.issn.0366-6964.2016.06.004

https://www.xmsyxb.com/CN/Y2016/V47/I6/1102

参考文献

［1］陈国宏，王克华，王金玉，等.中国禽类遗传资源［M］.上海：上海科学技术出版社，2004：72-73.
CHEN G H，WANG K H，WANG J Y，et al.Poultry genetic resources in China［M］.Shanghai：Shanghai Scientific and Technical Publishers，2004：72-73.(in Chinese)
［2］国家畜禽遗传资源委员会.中国畜禽遗传资源志家禽志［M］.北京：中国农业出版社，2011：331-333.
China National Commission of Animal Genetic Resources.Animal Genetic Resources in China Poultry［M］.Beijing：China Agriculture Press，2011：331-333.(in Chinese)
［3］WANG Y H，BYRNE K A，REVERTER A，et al.Transcriptional profiling of skeletal muscle tissue from two breeds of cattle［J］.Mamm Genome，2005，16(3)：201-210.
［4］WANG B，ZHANG M，NI Y H，et al.Identification and characterization of NYGGF4，a novel gene containing a phosphotyrosine-binding (PTB) domain that stimulates 3T3-L1 preadipocytes proliferation［J］.Gene，2006，379：132-140.
［5］QIU J，NI Y H，GONG H X，et al.Identification of differentially expressed genes in omental adipose tissues of obese patients by suppression subtractive hybridization［J］.Biochem Biophys Res Commun，2007，352(2)：469-478.
［6］BOST F，AOUADI M，CARON L，et al.The extracellular signal-regulated kinase isoform ERK1 is specifically required for in vitro and in vivo adipogenesis［J］.Diabetes，2005，54(2)：402-411.
［7］ZHAO Y，ZHANG C，CHEN X，et a1.Overexpression of NYGGF4（PIDl）induces mitochondrial impairment in 3T3-L1 adipocytes［J］.Mol Cell Biochem，2010，340(1-2)：41-48.
［8］邱洁，郭锡熔，李晓南，等.新基因NYGGF4在肥胖患儿脂肪组织中的表达验证及生物信息学分析［J］.实用儿科临床杂志，2008，23(7)：495-497.
QIU J，GUO X R，LI X N，et al.Expression and bioinformatics analysis of a novel gene NYGGF4 in adipose tissue of obese children［J］.Journal of Applied Clinical Pediatrics，2008，23(7)：495-497.(in Chinese)
［9］FAJAS L.Adipogenesis：a cross-talk between cell proliferation and cell differentiation［J］.Ann Med，2003，35(2)：79-85．
［10］YU Z，GUO X.NYGGF4 as a new therapeutic target for obesity-associated insulin resistance［J］.Med Hypotheses，2012，78(4)：432-434.
［11］徐正刚，杨伦，曾勇庆，等.RNA干扰沉默PID1基因肉兔模型的构建［J］.畜牧兽医学报，2014，45(5)：750-756.
XU Z G，YANG L，ZENG Y Q，et al.Construction of transgenic rabbit model by RNA interferencing PID1 gene［J］.Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica，2014，45(5)：750-756.(in Chinese)
［12］陈小玲，黄志清，贾刚，等.磷酸酪氨酸互作结构域l基因对肉质性状的调控［J］.动物营养学报，2012，24(4)：591-594.
CHEN X L，HUANG Z Q，JIA G，et al.Phosphotyrosine interaction domain containing l gene：Regulation on meat quality［J］. Chinese Journal of Animal Nutrition，2012，24(4)：591-594.(in Chinese)
［13］MAN C，LI X，ZHAO D.Cloning，sequence identification，and tissue expression analysis of novel chicken NYGGF4 gene［J］.Mol Cell Biochem，2011，346 (1-2)：117-124.
［14］LIVAK K J，SCHMITTGEN T D.Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2^-△△CT method［J］.Methods，2001，25(4)：402-408.
［15］RAVICHANDRAN K S.Signaling via Shc family adapter proteins［J］.Oncogene，2001，20(44)：6322-6330.
［16］BEDIRIAN A，BALDWIN C，ABE J，et al.Pleckstrin homology and phosphotyrosine-binding domain-dependent membrane association and tyrosine phosphorylation of Dok-4，an inhibitory adapter molecule expressed in epithelial cells［J］.J Biol Chem，2004，279(18)：19335-19349.
［17］UHLIK M T，TEMPLE B，BENCHARIT S，et al.Structual and evolutionary division of phosphotyrosine binding (PTB) domains［J］.J Mol Biol，2005，345(1)：1-20.
［18］姜秀云，陈丽，傅艺凌.β3-AR基因变异与山东汉族人糖尿病视网膜病变的相关性研究［J］.山东医药，2005，45(13)：40-41.
JIANG X Y，CHEN L，FU Y L.Association analysis ofβ3-AR gene mutation with diabetic retinopathy in Shandong Ethnic Han［J］.Shandong Medical Journal，2005，45(13)：40-41.(in Chinese)
［19］SHI N，YE S，BARTLAM M，et al.Structural basis for the specific recognition of RET by the Dok1 phosphotyrosine binding domain［J］.J Biol Chem，2004，279(6)：4962-4969.
［20］CHEN G，HOWE A G，XU G，et al.Mature N-linked glycans facilitate UT-A1 urea transporter lipid raft compartmentalization［J］.FASEB J，2011，25(12)：4531-4539.
［21］ZHAO Y P，ZHANG C M，ZHU C，et al.NYGGF4 homologous gene expression in 3T3-L1 adipocytes：regulation by FFA and adipokines［J］.Mol Biol Rep，2010，37(7)：3291-3296.
［22］DA COSTA A S，PIRES V M，FONTES C M，et al.Expression of genes controlling fat deposition in two genetically diverse beef cattle breeds fed high or low silage diets［J］. BMC Vet Res，2013，9：118.
［23］钱源，曾勇庆，杜金芳，等.猪PID1基因CDS区的克隆及其mRNA表达与肌内脂肪沉积关系［J］.遗传，2010，32(11)：1153-1158.
QIAN Y，ZENG Y Q，DU J F，et al.CDS cloning and relationship between intramuscular fat content and mRNA expression of PID1 gene in pig［J］.Hereditas，2010，32(11)：1153-1158.(in Chinese)
［24］钱源，曾勇庆，崔景香，等.莱芜猪PID1基因的功能分析及表达谱研究［J］.畜牧兽医学报，2011，42(5)：621-628．
QIAN Y，ZENG Y Q，CUI J X，et al.Functional analysis and tissue specific expression profile of PID1 gene in Laiwu pig［J］.Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica，2011，42(5)：621-628.(in Chinese)
［25］徐洪刚.天府肉羊MYLPF和PID1基因克隆、表达及其与肌内脂肪含量关系研究［D］.成都：四川农业大学，2013.
XU H G.Studies on cloning and expression of Tianfu goat MYLPF and PID1 gene and their relationship with intramuscular fat content［D］.Chengdu：Sichuan Agricultural University，2013.(in Chinese)
［26］XU H G，XU G Y，WANG D H，et al.Molecular cloning and tissue distribution of the phosphotyrosine interaction domain containing 1 (PID1) gene in Tianfu goat［J］.Gene，2013，515(1)：71-77.
［27］LIN Y Q，ZHAO Y Y，LI R W，et al.Cloning and expression profile of PID1 in yak［J］.J Anim Vet Sci，2015，2(1)：1-5.

[1]	唐鑫鑫, 郑炬梅, 骆娜, 营凡, 朱丹, 李森, 刘大伟, 安炳星, 文杰, 赵桂苹, 李和刚. 基于全基因组关联分析揭示肉鸡腿病发生的遗传机制[J]. 畜牧兽医学报, 2024, 55(1): 99-109.
[2]	徐小静, 董瑞玲, 魏立民, 赵少猛, 赵桂苹, 张敏红, 冯京海. 文昌鸡母鸡生长模型的研究[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(12): 4952-4961.
[3]	齐丽娜, 陆雪林, 杨凯旋, 周瑾, 李先玉, 刘珂, 张文刚, 顾欣, 章伟建. 基于SNP芯片分析新浦东鸡的遗传多样性和遗传结构[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(12): 4962-4971.
[4]	王燕星, 张雨时, 姬海港, 刘阳, 牛玉芳, 韩瑞丽, 刘小军, 田亚东, 康相涛, 李转见. 鸡骨骼肌卫星细胞系的建立及分析[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(12): 4972-4981.
[5]	范晨宇, 单艳菊, 章明, 姬改革, 巨晓军, 屠云洁, 贺喜, 束婧婷, 刘一帆, 张海涵. 立华麻黄鸡体重和肉品质性状全基因组关联分析[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(12): 4982-4992.
[6]	陈诚, 乔西波, 孙亿, 康丽, 姜运良. 琅琊鸡FSHR基因-868位点的多态性及对产蛋性能的遗传效应研究[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(11): 4560-4568.
[7]	金四华, 贾富民, 何培莉, 贾羽晴, 税斐, 刘旭玲, 刘星, 王新, 徐嫚, 耿照玉. IHH过表达对鸡原代软骨细胞增殖和分化的影响[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(11): 4569-4576.
[8]	陈雪娇, 刘会杰, 臧蕾, 冯静, 鹏达, 张浩. 鸡胚心脏组织转录组数据鉴定雪域白鸡高原低氧适应性关键基因[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(10): 4154-4163.
[9]	张寅梁, 岳巧娴, 黄晨轩, 陈辉, 王德贺, 周荣艳. 产蛋初期和后期蛋鸡胫骨转录谱的构建及骨代谢相关基因分析[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(10): 4164-4173.
[10]	郑钢, 连玲. 鸡性别决定及分化关键调控基因DMRT1研究进展[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(8): 3152-3163.
[11]	白露, 王梦杰, 马小春, 何政肖, 谭晓冬, 刘杰, 赵桂苹, 文杰, 刘冉冉. 一种快速挖掘鸡品种特征性SNP标记集合的方法[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(8): 3252-3261.
[12]	陈春, 康昭风, 魏岳, 黎观红, 武艳平, 谢金防. Wnt3a基因多态性与崇仁麻鸡皮肤毛囊性状相关性研究[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(7): 2810-2823.
[13]	刘航, 王欢欢, 葛莹, 张雷, 张伟武, 魏莹晖, 李庆海, 范京辉, 章学东. 基于转录组和蛋白组筛选乌骨鸡肤色性状候选基因[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(6): 2320-2329.
[14]	王辉, 许梦缘, 刘灵康, 郑喜邦, 李恭贺, 吴文德. PhiC31整合酶电穿孔鸡成纤维细胞诱发位点特异性基因盒交换[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(6): 2330-2342.
[15]	王政, 郭文婕, 程瑾, 原一桐, 罗榕, 薛毅, 张利环, 朱芷葳, 李慧锋. 营养转运相关基因调控区多态性与黄羽肉鸡饲料转化率关联分析[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(6): 2343-2352.